Im
16. Jahrhundert begann sich die absolute Machtposition eines Herrschers über
sein Land zu verringern. Grund hierfür war die Herausbildung der Stände, die
fortan einen Gegenpol zu Kaiser und Hofstaat darstellen sollten. Die Stände
wurden von den Großgrundbesitzern gebildet; diese waren von nun an die Vertreter
des Landes und gewannen daher an politischem Einfluß.Während in den Städten reiche Bürger den kleinen Gewerbetreibenden gegenüberstanden, befand sich der Grundbesitz hauptsächlich in den Händen des Adels und der hohen Geistlichkeit. Im Gegensatz zu den mächtigen Grundherren konnten deren Untertanen, die Bauern, keinerlei Einfluß auf politische Entwicklungen und Entscheidungen nehmen, obwohl es (theoretisch) Aufgabe der Grundherren war, als Gegenleistung zum Zehent der Bauern deren Interessen wahrzunehmen und sie vor äußeren Feinden zu schützen. Statt sich dieser Aufgaben bewußt zu sein, beuteten Aristokratie und Klerus ihre rechtlosen Untertanen aus.
Dieser ungrechtfertigten Behandlung versuchte die unterdrücke Bevölkerung ein Ende zu bereiten. Von 1524 bis 1526 kam es daher zum "Großen Deutschen Bauernkrieg", der vom Reformationsgedanken geleitet war. Ziel des Aufstandes war es nicht, die Zentralgewalt des Kaisers zu unterminieren, sondern die Unterdrückung durch die Grundherren zu beseitigen. Diese Rebellion gegen die soziale Ungerechtigkeit wurde jedoch niedergeschlagen und blieb erfolglos. 1595-97 kam es unter Rudolf zu erneuten Aufständen in Ober- und Niederösterreich.
Reformation und Gegenreformation
Der Thesenanschlag Luthers im Jahr 1517 in Wittenberg sollte für die Politik des 16. Jahrhunderts bestimmend sein und in der Folge stets zu Konfrontationen zwischen Katholiken und Anhängern des Protestantismus führen. Wegbereiter des Protestantismus waren primär Landesfürsten und die Bevölkerung der Reichsstädte. Der überwiegende Teil der Bevölkerung war nicht an theologischen Aspekten interessiert, sondern erhoffte sich eine Beseitigung der immer größer werdenden Mißstände. Seine besondere Ausbreitung fand der Protestantismus bis ca. 1560, als fast 90% der Bewohner des Heiligen Römischen Reiches zu seinen Anhängern zählten.
Die Revolution zeigte politische, gesellschaftliche und ökonomische Wirkung. Die Landesfürsten erhofften sich Reformen innerhalb des Reiches, eine Säkularisierung und Enteignung der geistlichen Herrschaftsgebiete. 1545 wurde von Papst Paul III. das Konzil von Trient einberufen, das bis 1563 tagte. Innerkirchliche Reformen sollten durchgeführt werden. Das Glaubensbekenntnis (Katechismus) wurde definiert, um die Autorität des Papstes wieder herzustellen. Zentrale Diskussionspunkte des Konzils betrafen die Glaubensauslegung, den Zölibat und den Ablaß. Jedoch vermochten weder der Augsburger Religionsfriede von 1555, noch das Wormser Religionsgespräch von 1557, die den Städten und Fürstentümern Religionsfreiheit zusichern sollten, Herrschaftsansprüche und politische Streitigkeiten zu verhindern.
Seit der Erfindung des Buchdruckes war der Zugang zur Bildung nicht mehr der Geistlichkeit vorbehalten. Um eine Untergrabung ihrer Dogmen zu verhindern, versuchte die katholische Kirche immer wieder in den verschiedenen Ländern und Diözesen Kontrolle über den Buchhandel zu erlangen. 1564 ließ Papst Pius IV. den Index Librorum Prohibitorum erstellen, um die Ausbreitung humanistischen und reformatorischen Gedankenguts zu verhindern. Die Gegenreformation begann 1561 mit den Hugenottenkriegen in Frankreich. Im Heiligen Römischen Reich wurde sie getragen von Erzherzog Ernst sowie Kardinal Khlesl (in OÖ und NÖ) und Kaiser Ferdinand II. (in der Steiermark und in Kärnten).
